Мавзолей Юсуфа Хамадани - суфийского шейха, богослова и основателя традиции Ходжаган - возведён после 1140 года в северном пригороде Султан-Калы, за её восточной стеной. Юсуф ибн Айюб аль-Хамадани родился в 1048 году близ иранского Хамадана, учился в Багдаде, а затем обосновался в Мерве, где его обитель получила почётное имя «Кааба Хорасана». Он умер по пути из Герата в Мерв и был похоронен здесь.
Мавзолей стал центром духовной линии, из которой выросли суфийские ордена Ясавия и Накшбанди. Ученики Хамадани - Ахмад Ясави и Абдулхалик Гиждувани - разнесли его учение по всей Центральной Азии. Комплекс уцелел при разгроме Мерва монголами в 1221 году благодаря прочной кладке и особому статусу святыни. В эпоху Тимуридов XV–XVI веков к мавзолею пристроили большой айван и трёхкупольную мечеть с жильём для паломников.
Сегодня туристы увидят квадратное здание мавзолея с чёрным мраморным надгробием, покрытым зелёным саваном, восьмиугольный минарет и молитвенный зал с михрабом. Фасады украшены техникой «хазарбаф» - кирпичной кладкой, создающей игру света и тени. Комплекс действует: сюда приезжают паломники из Туркменистана и соседних стран. Современное здание - реконструкция 1990-х годов, но место захоронения и форма мавзолея сохранены с XII века.